As medidas de proteção ao meio ambiente adotadas pela Usina Rio Pardo também têm como princípio o respeito à água e ao solo. A URP usa água captada do subsolo através de poço profundo e aproveita parte das chuvas, além de realizar a limpeza da cana sem a utilização de água.
A Usina utiliza a vinhaça, subproduto do álcool rico em nutrientes, no processo conjunto de fertilização e irrigação das áreas cultivadas com cana-de-açúcar. A vinhaça concentrada aplicada como fertilizante nos canaviais reduz a possibilidade de contaminação em regiões onde o lençol freático é próximo à superfície. O uso da vinhaça é regulamentado por norma criada pela Cetesb em 2005, para evitar a saturação e garantir as características naturais do solo.
Na fabricação de álcool, de toda vinhaça produzida, 100.000 litros por hora são conduzidos para um concentrador. A parte concentrada é utilizada diretamente como fertilizante líquido e distribuída na cultura de cana através de caminhões próprios, a razão de 10m³ por hectare, quantidade essa que supre 100% da necessidade de potássio.
O excedente não concentrado da vinhaça é resfriado e conduzido até os cultivos através de dutos e/ou caminhões próprios. Depois, é aspergido através de moto bombas nas culturas, sendo aproveitada como fertilizante para melhorar a produtividade na área agrícola, assim como acontece com a vinhaça concentrada.
A água resultante da concentração da vinhaça é utilizada na diluição de fermento, o que contribui com a redução da retirada desse bem do meio ambiente, além de proporcionar a diminuição do consumo de insumos, sobretudo, dos ácidos na fermentação.
A empresa adota tecnologias para reduzir a produção de vinhaça bem como o efeito desse rejeito ao meio ambiente. A primeira e principal tecnologia é a concentração da vinhaça proveniente da destilação do vinho, que se apresenta com aproximadamente 2 a 3˚Bx a uma temperatura de 95 C˚.
A vinhaça entra no equipamento pela parte superior do primeiro efeito em forma de névoa turbulenta, é distribuída pelos tubos e sai na parte inferior; o vapor entra por fora dos tubos. Na seqüência, a vinhaça passa por mais 4 efeitos (com o mesmo procedimento do primeiro efeito), sendo que a vinhaça obtida no final dos 5 efeitos sai com 25 a 30˚Bx.
O fabricante desse equipamento é uma empresa nacional localizada em Araraquara, interior de São Paulo. A segunda tecnologia é a de trabalhar com a graduação alcoólica alta do vinho e a terceira, que está em vias de ser instalada, é a utilização de pré- evaporador da vinhaça ao invés da borbotagem direta de vapor vegetal na coluna de destilação.