Em 2007, a Usina Rio Pardo aderiu ao Protocolo Agroambiental, acordo que antecipa os prazos para o fim das queimadas nos canaviais do Estado de São Paulo e estipula ações de sustentabilidade ambiental no setor sucroalcooleiro.A adesão se efetivou por meio da concessão de um certificado de que a Usina Rio Pardo compromete-se a cumprir todas as diretivas técnicas descritas no Protocolo, que foi celebrado entre o Governo do Estado de São Paulo, a Secretaria de Estado da Agricultura e Abastecimento, a Secretaria de Estado do Meio Ambiente e a União da Agroindústria Canavieira de São Paulo (UNICA).
Para poder cumprir as exigências da CETESB e as diretrizes do Protocolo, a Usina Rio Pardo colocou em prática, nos últimos quatro anos, diversas ações, com destaque para a compra de 16 colheitadeiras de cana-de-açúcar e ainda aluga de terceiros mais 6 unidades. Desta forma, 96% da colheita de cana-de-açúcar processada na Usina Rio Pardo é realizada mecanicamente (ou seja, através das colheitadeiras). Os 4% restantes, devido à localização das plantações (encostas e curvas de nível), a cana é colhida manualmente e também sem a prática da queimada. Com isso, 100% da cana-de-açúcar própria processada na Usina Rio Pardo é realizada sem queimadas.